Solo unas horas después, Nisman tenía previsto comparecer ante la Cámara de Diputados a petición de grupos opositores. Iba a exponer los términos de su denuncia contra la presidenta Cristina Fernández y otros colaboradores por el presunto plan encubrimiento de Irán por el atentado.
La primera teoría que manejaron las autoridades hablaba de la posibilidad de un suicidio.
Pero hay varios cabos sueltos, que se ponen de manifiesto, por ejemplo, cuando la misma presidenta Fernández ha dado opiniones distintas sobre la muerte:
No había rastro de pólvora en las manos de Nisman: la investigación para determinar si había restos de pólvora en las manos de Nisman "dio negativo", según las palabras de la fiscal a cargo de la causa, Viviana Fein. Esta es una prueba clave que se esperaba para avanzar en la hipótesis del suicidio. Tras ese resultado, Fein dijo que eso no significa que no se trate de un posible suicidio, pero dispuso que se realice un nuevo peritaje al arma que causó la muerte de Nisman.
El arma utilizada era prestada, esto a pesar de que el Registro Nacional de Armas confirmó que Nisman tenía otras dos armas registradas a su nombre. Un empleado de la fiscalía, cercano a Nisman, declaró que le prestó esa arma porque Nisman se la pidió para defenderse, por si le pasaba algo.
El secretario de Seguridad de Argentina, Sergio Berni, llegó a la escena antes que el juez y el fiscal. Dijo que llegó allí para “garantizar transparencia”.
¿La puerta de servicio estaba abierta? El cerrajero que abrió la puerta del apartamento en el que se halló muerto a Nisman dio una versión que contradice la de las autoridades: "La puerta de servicio estaba abierta. Lo podría haber hecho cualquiera", dijo el cerrajero, identificado como Walter, en su declaración ante la fiscal encargada del caso, Viviana Fein.
Ahora la Justicia agregó a la investigación el hallazgo de una huella y una pisada en el pasillo del piso en el que vivía el fiscal tras descubrir un tercer acceso a su vivienda.
En entrevista con Fernando del Rincón, el periodista y escritor Hernán Dobry señaló que sorprende que la presidenta Fernández se pronuncie sobre el caso a través de las redes sociales, considerando que hace uso de la cadena nacional para anuncios importantes.

Pero, según explica Dobry, tanto Néstor Kirchner como Cristina Fernández se alejaron de las cámaras en momentos de tragedias en Argentina.
En cuanto a la investigación de Nisman sobre la AMIA, Dobry señaló que su hipótesis presenta puntos débiles, como el hecho de que Argentina negociara petróleo por granos, siendo que la exportación de granos en el país la hacen empresas privadas.